染色質免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白質-DNA相互作用的一項強大技術，廣泛用于多個領域的染色質相關蛋白的研究（如組蛋白及其異構體，轉錄因子等），特別適用于已知啟動子序列或整個基因位點的組蛋白修飾分析研究。這項技術采用特定抗體來富集存在組蛋白修飾或者轉錄調控的DNA片段，通過多種下游檢測技術（定量PCR，芯片，測序等）來檢測此富集片段的DNA序列。
ChIP技術自誕生之后，已成功的應用于人或動物細胞和組織 [1] 、植物組織 [2] 、酵母 [3] 以及細菌、質粒 [4] 。由于在信號轉導和表觀遺傳研究中的突出作用，ChIP在腫瘤 [5-7] 、神經科學 [8-10] 、植物發育[11-13] 等領域中應用非常廣泛，同時有關細胞凋亡 [14] 、雌激素信號轉導 [15] 、胰島素抵抗 [16] 、組織發育[1] 的文獻中也用到ChIP。
目前，zui常見的有以下兩種ChIP實驗技術：
1. nChIP：用來研究DNA及高結合力蛋白，采用微球菌核酸酶（micrococcal nuclease）消化染色質，然后進行片段富集及后續分析，適用于組蛋白及其異構體，例如 [17-19] ；
2. xChIP：用來研究DNA及低結合力蛋白，采用甲醛或紫外線進行DNA和蛋白交聯，超聲波片段化染色質，然后進行片段富集及后續分析，適用于多數非組蛋白的蛋白，例如 [9, 15, 20] 。
X-ChIP試驗的一般過程
以上兩種方法在分離DNA-蛋白質復合物之后，對DNA進行PCR擴增，驗證目標序列的存在。除驗證實驗外，ChIP DNA也可以進行測序分析，這種方法被稱為ChIP-seq [22] ；也可做芯片分析，這種方法被稱為ChIP on CHIP或ChIP-CHIP[23] 。這兩種方法都可用于分析感興趣蛋白結合的未知序列，而不需要知道目標序列的詳細信息，因此可以進行探索性的研究。當需要對DNA結合的蛋白復合物（兩個或兩個以上蛋白共同結合在DNA上）進行研究時，可以采用reChIP技術對DNA蛋白復合物進行再次富集，從而分析兩種蛋白同時結合的DNA片段，例如轉錄調控因子及其受體復合物 [24]。細胞
相比其他DNA與蛋白相互作用的研究工具，ChIP的突出優勢在于通過檢測蛋白(in vivo)與DNA的物理結合，研究體內真實情況下的染色質結構，因此得出確鑿的誘導或阻礙轉錄的證據，這對構架信號調控網絡至關重要。同時，通過此工具也可以區分轉錄調控的直接作用和非直接作用 [21] ，從而使研究者對轉錄調控過程有更而深刻的認識。
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